지방자치단체가 부과하는 종합토지세 외에 일정 기준을 초과하는 토지와 주택 소유자에 대해서 국세청이 별도로 누진세율을 적용해 국세를 부과하는 제도.
 
2003년 10월 29일 정부가 '부동산 보유세 개편방안'에 따라 종합부동산세 법안을 마련하면서 부동산 종합대책의 일환으로 내놓은 개념이다. 부동산 과다 보유자에 대한 과세 강화와 부동산 투기 억제, 불합리한 지방세 체계를 개편하기 위해 도입한 제도로, 2005년부터 시행되었다.

토지 및 건물 소유자들을 대상으로 주소지가 속한 지방자치단체가 관할구역의 토지 및 건물을 대상으로 세금을 부과하는 현행 재산세와 별도로, 국세청이 일정 기준을 초과하는 토지와 주택 소유자들의 전국 소유 현황을 분석해 누진세율을 적용해 부과한다. 원래는 토지에만 부과하기로 하였다가 나중에 주택까지 대상에 포함시켰다.

2005년 시행당시의 과세대상자는 주택의 경우에는 국세청 기준시가로 9억 원 초과, 나대지의 경우에는 공시지가로 6억 원 초과, 빌딩·상가·사무실 등의 부속토지의 경우에는 공시지가로 40억 원을 초과하는 경우 해당되었다. 2009년 현재, 개인별 합산시 6억원(1세대1주택자의 경우엔 9억)이상의 주택을 소유한 자나 토지의 경우 종합합산토지는 5억, 별도합산토지는 80억을 초과한 자의 경우에 종합부동산세의 과세대상에 해당한다.

2005년 시행시 개인별로 합산해 부과하던 것이 2006년 세대별 합산으로 변경되었지만, 2008년 말 세대별 합산 부분이 위헌판결을 받았고, 1주택자에 대해 종합부동산세 부과는 헌법 불합치 판정이 내려졌다. 이에 다시 개인별 합산으로 재변경됐다.

 

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